红警3中没有隐藏国家,只有苏联,盟军和旭日帝国三个势力,红警3主要是围绕虚构的“第三次世界大战”,讲述了改变历史后苏联、盟军与旭日帝国三足鼎立的局面。
作为《命令与征服:红色警戒》(C&C)系列的第三部,游戏故事紧接《红色警戒2:尤里的复仇》盟军线结局,苏联解体前夕苏联阿纳托利·查丹科上校和库可夫将军利用时间机器回到过去1927年,使得爱因斯坦消失于时间长河中,历史又一次被大幅改写(平行宇宙原理)。失去爱因斯坦后,盟军相对于苏联的科技优势不复存在,因此在和苏联的正面对抗中节节败退。在新时间线中,旭日帝国崛起为一个超级大国并同时向盟军和苏联发起挑战。